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本所内设机构为棉花质量监督检验中心、纺织制品质量监督检验中心、客户服务中心、后勤管理服务中心、执法监督科、质量技术管理科、信息室、财务科以及办公室（党办）等九个部门，上海市纤维检验所官网分别承担着监督、执法、检验、管理、服务等职能。
上海市纤维检验所是通过中国合格评定认可委员会和中国纤维检验局组织的实验室认可、机构审查验收和计量认证“三合一”评审的第三方公正检验机构。是美国棉商协会（ALSA）和国际纺织制造商协会（ITMF）认可的马克隆值仲裁实验室成员；中国纤维检验局联合实验室成员。
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上海市纤维检验所是上海市质量技术监督局的直属机构，是具有独立法人地位的事业单位，是国务院《棉花质量监督管理条例》授权的法定专业纤维质量监督检验机构，业务上受中国纤维检验局领导，并受上海市质量技术监督局的委托，行使委托范围内的行政执法职能。
