协会坚持以服务为宗旨，以“‘三大(大医药、大服务、大民主)’、‘三建(建桥梁纽带、建平台、建家园)’‘一促进(促进行业发展)’”为理念，以“团结、创新、引领、服务”为方针，勤奋履职，获得各界好评。2010年被北京市民政局首批评定为“5A” 级社会组织,2015年协会再次通过市民政局“5A”复评。2010年3月经北京市政府相关部门批准，协会注册成立了北京市第二十六(医药)职业技能鉴定所，成为北京市目前唯一建立在社会团体组织内的职业技能鉴定所，2013年鉴定所被北京市民政局评定为“5A”级社会组织。
北京医药行业协会，2000年8月经北京市民政局批准，于2001年4月正式挂牌成立。是以北京地区医药、医疗器械工商企业、相关科研、大专院校单位为会员，依照国家有关法律法规自愿组成的自律性、非营利性的社会团体。现有会员320多家。覆盖北京市医药行业主要大、中型工商企业。协会下设中药、化药、生物制药、医疗器械、医药商业、沧州六个分会，以及丰台工作委员会和GCP专委会。其中，中药分会下设中药饮片专业委员会;医疗器械分会下设义齿专业委员会。
