学校现设有基础医学院，中药学院，针灸学院，管理学院，护理学院，人文学院，第一临床医学院，第二临床医学院，第三临床医学院，国际学院，继续教育学院，远程教育学院，台港澳中医学部，高职部等教学机构目前设有中医学，中药学，制药工程，针灸推拿学，公共事业管理，工商管理，护理学，英语（医学），法学（医药卫生）9个本科专业中医临床方向，中医骨伤方向，中西医结合方向，针灸推拿方向，针推康复方向，针推对外交流方向7个培养方向班学校各类在校生总数为27635人，其中全日制在校生总数为9339；研究生占全日制在校生比例为33%；境外学生占全日制在校生的比例为15.3%中医学，中药学，中西医结合医学3个一级学科均具有博士学位授予权，并均设有博士后科研工作流动站涵盖二级学科国家重点学科15个，另有国家中医药管理局重点学科21个，北京市重点学科6个，重点学科建设在全国中医药院校中保持领先地位北京市重点实验室2个，国家中医药管理局重点研究室9个，国家中医药管理局三级（最高级）实验室14个，是国家理科基础科学研究和教学人才培养基地，国家生命科学与技术人才培养基地，建设有教育部中药制药与新药开发关键技术工程中心，中医药现代化网上合作研究中心，中药材规范化生产工程中心，国家大学科技园（与北京师范大学共建）科研基地已经发展成为一所医教研力量雄厚，科室齐全，设备完善，综合服务能力强并具有中医专科专病特色的综合性三级甲等医院布局合理，设备先进，人才优化，管理科学，医疗水平一流，中医特色突出，具有综合服务功能的三级甲等医院北京冶金医院正式划转北京中医药大学，成为学校第三附属医院北京中医药大学以继承和弘扬祖国医学为己任，已为国家培养了30000余名高级中医药专业人才，为世界87个国家和地区培养了13000余名中医药专门人才先后与22个国家和地区的58所知名大学和研究机构建立了良好的合作关系解放军302医院建立了合作关系，开辟了军地合作的新领域，构建了军地合作的新模式《北京中医药大学学报（中医临床版）》和《中医教育》杂志，是中医药学术交流的重要园地。
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