上海中医药大学学校现有20个二级学院及部门。3所直属附属医院，曙光医院、龙华医院、岳阳中西医结合医院，均为三级甲等医院。2所非直属附属医院，普陀医院和上海市中医医院。16个附属及共建研究所。10个研究中心。另外还成立了由上海19家中医机构组成的医教研联合体。3个教育部基地：中国大学生武术训练基地、国家大学生文化素质教育基地、国家理科基础研究和教学人才培养基地；1个上海市普通高等学校人文社会科学重点研究基地：中医药文化研究与传播中心。学校还是国家教育部“人才培养模式创新实验区”和“特色专业点”建设高校；现有3个一级学科授权的博士点：中医、中药与中西医结合学科，同时也都是博士后流动站，其中中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二；15个二级学科博士点；23个硕士点；29个本、专科专业（方向）；同时，学校还有9个继续教育的本、专科专业。
我校实行研究院与学校合署的管理体制，上海市中医药研究院是全国七大中医药研究中心之一。学校现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；教育部（省部共建）重点实验室2个，教育部工程中心1个；国家中医药管理局重点学科学科建设单位4个，三级实验室24个。上海市重点学科9个。上海市高校E-研究院2个；上海市教委第五期重点学科5个。上海市重点实验室1个。
学校坚持“不重其全，重其优；不重其大，重其特”的办学理念，以“研究教学型、特色型和外向型”为办学定位，全校师生朝着“全国一流、世界著名的中医药大学”办学目标共同前进。
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