全院以应用研究和开发研究为主，适当开展应用基础研究。在作物育种、畜牧及畜禽饲料、生物农药、植物保护、台湾农业等研究领域具有较强科技力量，水稻育种、红萍、柑桔黄龙病等研究居国际领先水平，设有国家龙眼批把资源圃和省农业遗传工程重点开放实验室。植保所是全国农业科研百强研究所。目前全院承担国家863高科技攻关、国家基金和部省级重点课题等各类课题100多项。
福建省农业科学院现设有13个研究所，即：稻麦、果树、甘蔗、茶叶、植物保护、土壤肥料、畜牧兽医、耕作轮作、地热农业利用、数字农业农业研究所和红萍研究中心、生物技术研究中心、中心化验室。在职职工1065人，离退休人员540多人。在职人员有高级科技人员185名、中级科技人员264名，国家级专家4名，省级专家11名。享受国务院特殊津贴67人。现有博士12人，正在攻读博士学位22人。
2014年2月19日，福建省农业科学院宣布，该院刘波团队从秦始皇兵马俑1号坑土壤分离的FJAT-13831T菌株，为世界上首次发现的一种地球微生物——芽孢杆菌属的新种，被命名为兵马俑芽孢杆菌。
福建省农业科学院成立于1960年，是福建省最高的农牧业综合科研机构。现设有水稻、果树、畜牧兽医、植物保护、土壤肥料、甘蔗、茶叶、作物、农业工程技术、农业经济与科技信息、农业生态、生物技术、农业生物资源等研究所和中心实验室、蘑菇菌种研究推广站等15个研究单位和1个科技干部培训中心。目前已建有福州国家水稻改良分中心、国家龙眼枇杷资源圃、国家红萍品种资源圃，2个省级重点实验室、8个省级工程技术研究中心，有130多公顷实验场、圃，保存珍贵作物种质资源13000多份。
福建农业科技信息网是由福建省农业科学院主办的，主要包含了实用技术、农业漫画、名优产品、农经论坛、政策法规、基础条件、台湾农业、专业数据库、电子答疑、农网导航等栏目。
