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“数系天地，勤笃求真 ”是研究院的理念。数学与系统科学来源于自然和实践，同时又服务于自然科学与社会实践， “自然界的奥秘是用数学语言写成的 ”，数学是理解天地间万物的工具和基础。勤奋、踏实、执著是治学者所应具备的最基本的品质。中国科学院数学与系统科学研究院，http://www.amss.cas.cn，作为数学与系统科学研究工作者，应当勤思笃行，具有只争朝夕、脚踏实地、甘于寂寞、坚持不懈的工作作风。为了探索和追求科学真理，应当具有敢于挑战困难、敢为天下先的自信心；具有不怕失败、不怕非议、不怕磨难的科学精神；具有理论 “顶天 ”、应用 “立地 ”的奋斗目标。
研究院贯彻开放、流动、中国科学院数学与系统科学研究院联合，面向全国、面向世界的方针，每年接待300余位国内外访问学者， 与国内外学术机构有广泛的交流合作关系。研究院拥有全国馆藏最为丰富的数学专业图书馆，订有大量国外期刊，藏书逾21万册。研究院有先进的计算机及网络系统，包括万亿次机群(联想深腾1800)和超级计算服务器，带有多种大型数学软件包。
五十余年来，研究院荟萃了我国一大批著名数学家和系统科学家。四个研究所的科研人员在理论研究和实际应用方面，为我国数学和系统科学的发展以及国民经济和国防建设做出了重要的贡献，获得各种科技奖励 近500项，其中包括首届国家最高科学技术奖(吴文俊)，5项国家自然科学奖一等奖(华罗庚 “典型域上的多元复变数函数论 ”， 吴文俊 “示性类与示嵌类的研究 ”，陈景润和王元等 “哥德巴赫猜想研究 ”，冯康等 “哈密尔顿系统的辛几何算法 ”，秦元勋等 “原__氢弹设计原理中的物理力学数学理论 ”)，1项国家科技进步奖特等奖，19项国家自然科学二等奖以及一些重要的国际学术奖励。 不少重要的应用成果受到中央领导和实际部门的充分肯定，显示了数学和系统科学理论在国民经济主战场的作用。
研究院是一个综合性的国立学术研究机构，覆盖了数学与系统科学的主要研究方向。中国科学院数学与系统科学研究院，http://www.amss.cas.cn，研究院新时期的办院方针是：在数学与系统科学领域，面向国际发展前沿，面向国家战略需求，做出原创性、突破性和关键性的重大理论成果与应用成果，造就具有国际重要影响的学术带头人和一批杰出人才。研究院的发展目标是：在数学与系统科学领域内，成为国际上有重要影响的研究中心、培养和造就高级研究人才的著名中心、国民经济和国防建设有关问题研究和咨询的重要中心。
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