合并后的继续教育学院实行三块牌子，一套班子的整合管理模式，全面负责东南大学远程教育，成人教育，职业技术教育及非学历教育培训等人才培养与管理并先后被批准为全国职业教育师资培训重点建设基地，江苏省职业技术教育师资培养培训基地；1999年成立远程教育学院，2000年被教育部批准为重点支持的全国远程教育试点高校之一学科建设，科学研究与社会服务有着得天独厚的有利条件和优势不仅仅是学校建设国内外知名的高水平大学的奋斗目标的重要组成部分，更是重点大学要努力为建设学习型社会，构建终身教育体系作贡献的应尽之责规范管理，提高质量，改革创新，办出特色方针的指引下，充分利用学校学科优势与办学条件，按照...高层次，高质效的总体要求，以加强网络教育技术平台建设为基础，以优质资源建设与办学质量提升为核心，以体制改革与制度创新为动力，以规范管理与优质服务为保障，以培养高素质高层次应用型专门人才，努力为构建终身教育体系和学习型社会作贡献为目的，秉承 ...把学院办成特色鲜明国内一流的继续教育学院主要面向在职人员开展高等学历教育和职业资格证书教育，岗位培训及其他非学历高端培训等各类继续教育非学历教育培训学员每年在上万人次，另有全日制研究生17人，为国家社会培养了大批社会急需的管理科技及应用型人才教学部，技术部，继续教育部，职业技术教育部等9个部门开设计算机科学与技术， 土木工程，工程管理，机械设计制造及其自动化，电气工程及其自动化，会计学，电子商务，法学，护理学，旅游管理等众多专业土木工程，电子信息，电气工程及自动化，国际金融与贸易，会计学，物流管理，临床医学，护理学等30多个成人教育本，专科专业学院正在努力推进从以学历教育为主转向学历教育与非学历教育高端培训并重的战略转型，即在稳定发展成人和远程学历教育的同时，积极发展远程非学历教育，大力发展非学历教育高端培训建设和开发精品课程充分发挥网络教育快捷便利的巨大优势和资源优势，以优质的教学支持服务为核心竞争力，通过内涵发展，特色发展和创新发展加快继续教育发展方式的转变，着力提高办学质量和办学声誉坚定不移地走与国家，区域经济建设和社会发展相结合的建设道路，实现由规模速度型办学向内涵质量型办学的根本转变，建设和发展与国内外知名的高水平大学目标相匹配的继续教育，为国家，地方社会经济建设发展和人才知识需求作出新的贡献。
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