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医院学科门类齐全、专科特色明显。普外科、内分泌科、神经科、肾内科、耳鼻咽喉科属于国家级重点学科；肝移植科、感染性疾病科属于广东省医学重点专科；肝脏病学科是医院的龙头学科，目前已形成涵盖肝脏内科、中山大学附属第三医院，http://www.zssy.com.cn，肝脏外科、器官移植、重症监护、肝脏影像与介入治疗等多学科综合诊疗和临床科研的强势学科群；风湿内科、骨外科、泌尿外科、介入血管科、精神科、康复科等优势学科，不但在广东省、华南地区享有盛誉，在全国均有一定影响。
作为中山大学医学部的主要临床教学基地，医院拥有临床医学硕士授予点 32 个、中山大学附属第三医院博士点 25 个、博士后流动站 1 个，专科医师培训基地15 个，并于 2006 年通过国务院学位办公室临床医学（一级学科）博士点评估；现有硕士生导师 120 人，博士生导师 37 人。承担了多学科的本科生、研究生以及全国各地进修生的临床教学任务。
医院现有在职员工 2361 人，其中医疗技术人员 1817 人，高级职称人员 244 人。全院规划病床 1500 张，现实际开放病床 1300 张。年总诊疗人次达 166 万人次，年累计出院病人达 3 万多人次，年住院手术例数达 1.9 万人次，平均住院日为 13.1 天，日均门急诊量达 6000 多人次。
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