医院的前身是南京市第四医院，1980年南京医学院花500万从南京市卫生局购买成为南京医学院第二附属医院，南京医学院附属儿童医院，后随南京医科大学的改名，改为南京医科大学第二附属医院，2007年单设南京医科大学第二临床医学院成立南京医科大学第二附属医院东院建筑面积82044平方米，开放床位1200张，年门诊量80万人次，出院病人3.8万人次其中卫技人员1675人，高级职称287人，中级职称540人，博士生导师6人，硕士生导师53人，教授10人，副教授42人，享受国务院政府特殊津贴专家8人；江苏省......特聘教授1人，.........领军人才（创新团队）3人，重点人才4人（2名共建）托管南京市三院（南原京铁路医院）成立东院后，医院拥有两个院区妇产科，肾脏内科，眼科等整建制搬迁至东院，本部重点发展消化科，普外科，全科医学等，初步形成本部以...大综合，东院以...小综合为特色的医疗格局，2009年成功创建成为...消化内科，妇产科，肾脏内科，神经内科，老年医学科为江苏省级临床重点专科，儿科，内分泌科，普外科，肿瘤科为临床重点专科建设单位医院主要业务指标持续保持30%的增长，从2005年至2010年，业务收入由1.5亿元增长到6亿元，门急诊量由30万人次增长到80万人次，住院病人由1.2万人次增长到3.3万人次；国家自然科学基金项目由零突破至14项，SCI论文由几篇到60余篇其中放射科，物理诊断科，放疗科，检验科，病理科人才济济，设施齐全，拥有一批先进的医疗仪器设备，如核磁共振，64排CT，科研型螺旋CT，直线加速器，癫痫刀，激光碎石机，DSA，ECT，PACS系统，彩色超声仪，彩色经颅多普勒血流仪，24小时动态心电图，自动十二导心电图机，全自动生化分析仪，全自动电化学免疫发光仪，肿瘤超声聚焦刀，热疗仪等介入治疗，立体定向适形放疗（X-刀），能够满足全身各个器官的诊断，开展各种类型的化验诊断先让职工满意；态度决定一切，细节决定成败的管理理念；坚持...满意病人，感动病人的服务理念；坚持...医院正在积极建设一幢约5万平方米的医学综合楼，全面提升医，教，研各方面水平，努力将医院建成省属大型教学型综合性医院100，149路（直达），302，12，18，32，39路公交车在南医二附院站下；16路公交车在热河南路站下转12，18，39路；31，34路公交车在中山桥站下转30232，100，南医大二附院东院下； 16，34，168路萨家湾站下。
