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新疆科协内设11个部门：办公室、组织人事部、计划财务部、调研宣传部、学会学术部（国际部）、科学技术普及部、科学素质办公室、常委办公室、老干处、新疆维吾尔自治区科学技术协会，http://www.xast.org.cn，机关党委，反邪教协会。下设8个事业单位：科技馆、科普活动中心、咨询服务中心、科普杂志社、国际民间交流中心、后勤服务中心、少数民族科普工作队、信息中心。
新疆科协在自治区党委的领导下，在中国科协的指导下，坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、新疆维吾尔自治区科学技术协会邓小平理论和 “三个代表 ”重要思想为指导，全面落实科学发展观，坚持 “思路创新、组织创新、工作创新 ”的工作定位，动员和组织各族科学技术工作者，贯彻自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来的科学技术工作指导方针，实施科教兴新战略、人才强新战略和可持续发展战略。促进科学技术的繁荣和发展，促进科学技术人才的成长和提高，促进科学技术的普及和推广，促进科学技术与经济的结合；反映科学技术工作者的意见，维护科学技术工作者的合法权益。为经济社会发展服务，为提高全民科学素质服务，为科学技术工作者服务；推动社会主义经济建设、__建设、文化建设和社会建设，构建社会主义和谐社会，为全面建设小康社会、建设创新型新疆作贡献。
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