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该院坚持以病人为中心，以质量为核心，以科技为先导，近年曾获部、省、市级科技成果奖76项，能够开展多种专科专病治疗和疑难手术。多次成功有效应对非典、人禽流感、阜阳市第二人民医院，http://www.sey.fy.cn，手足口病、甲型H1N1流感等突发公共卫生事件重症病人救治工作。2003年，院党委被中央组织部授予“全国非典防治先进基层党组织”，医院被国家人事部、卫生部联合授予“全国非典防治先进单位”；2006年和2007年连年分别荣立阜阳市人民政府人禽流感救治工作和5·4氨中毒救治工作集体二等功；2006年5月被省卫生厅表彰为“安徽省人禽流感救治工作先进单位”；2006年底被评为阜阳市诚信医院；2007年、2009年2011年8月，连续三次被评为阜阳市第五届、第六届、第七届文明单位；2011年10月，被省委、省政府评为第九届安徽省文明单位；2008年3月被省卫生厅评为全省卫生系统先进集体，10月被省政府评为安徽省手足口病防治工作先进集体；2011年9月，阜阳市第二人民医院被市政府评为阜阳市先进集体；并多次被阜阳市委、市政府命名为全市卫生工作先进单位，阜城窗口行业“十佳单位”、“最佳优质服务先进单位”、“行风建设先进单位”、“科技工作先进单位”和“十佳党委”等光荣称号。
全院占地面积6. 07万平方米，是阜城占地规模最大的医院，拥有固定资产2.6亿元，在职职工1100余人，其中高中级专业技术人员650人，编制床位1000张，实际开放床位1200张。传染病部分设有感染一科、感染二科、感染病ICU、应急病区、结核病科、肝病一科、肝病二科、肝病三科；内科部分设有呼吸内科、肾病科、血液透析中心、心血管内科、神经内科、内分泌血液科、消化内科、阜阳市第二人民医院，http://www.sey.fy.cn，肿瘤内科、干部（特需）病房；外科部分设有普外科、胸心外科、神经外科、泌尿外科、血管外科、骨一科、骨二科、妇科、产科、男科、皮肤科；其它临床学科设有儿科、急诊科、重症医学科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、高压氧科、麻醉科、阜阳市第二人民医院；手术室；医技科室设有CT室、磁共振室、放射科、介入诊疗科、超声科、功能检查科、检验科、PCR实验室、病理科、系列内镜检查科等50个学科，以及中西医结合肝病研究所和健康体检中心。其中呼吸科为安徽省临床医学特色学科，肾脏病科为阜阳市临床医学重点学科，血液净化科、骨科、胸心外科、肝病科、感染科和结核科为阜阳市特色学科。
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