2006年，提前淘汰“大华”轮、“中鲁”轮、“顺鲁”轮、“兴鲁”轮。
2005年，股权转让，辽宁省大连海洋渔业集团公司控股，成为公司第一大股东。
2003年，提前淘汰“鲁渤渡7”轮。
2001年，进行资产重组。
企业发展
目前，渤海轮渡经营团队坚强有力，渤海轮渡官网员工队伍求真务实，基础管理扎实有效，内外环境和谐稳定。公司上下正意气风发、信念坚定、步伐坚实地昂首前进，持续着健康稳定发展的良好态势。
公司连续多年获得交通运输部“安全诚信公司”、山东省政府“富民兴鲁劳动奖状”等荣誉称号。2013年9月，渤海轮渡股份有限公司▲被交通运输部认定为安全生产标准化一级达标企业，成为全国交通行业首家获此荣誉的客运企业。
2002年，通过了《中华人民共和国船舶安全营运和防止污染管理规则》认证，是国内第一家建立安全管理体系的客滚船公司；2009年，通过了中国船级社保安体系认证，也是国内第一家建立船舶保安体系的客滚船公司；2011年，通过了ISO9001质量管理体系认证；
2013年2月，与烟台港集团、韩国HANARO海运(株)等公司合资成立了烟台渤海国际轮渡有限公司，主要经营烟台至韩国平泽航线的客滚运输。该航线于7月正式开通。标志公司正式进军国际客滚运输业务。
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