1991 年新大楼（现称东址）整建完成，两院区间由景福地下通道贯连，现今全院有员工6,000 余人，病床2,400 余张，每日门诊服务量逾8,000 人次为加强对儿童的服务，1994 年成立儿童医院筹备处，并于2003 年开工兴建儿童医疗大楼， 2008 年7 月启用台大医院培育医界人才无数，包括医学生，专科医师，药师，护理师等各类医事人员，分布全球各地，表现优异台大医院的临床医疗品质亦备受国人信赖器官移植，癌症诊断治疗及生医光电上的先锋研究成就，亦屡获得国际肯定台大医院肩负着教学，研究，服务三大任务继续在上述三大领域中，努力奋进：
教学方面继续配合医学院的课程设计，培育医学人才，并培训各类专科医学人才成立核心研究室，提供同仁最好的研究设备与研究环境免疫疾病，心脏血管疾病，器官移植医学，生医光电，影像医学等为研究重点强化行政管理，并以人性化的关怀照顾为基础，针对各项服务设施及工作流程，进行检讨与重新设计，以提供高品质的精致医疗服务台大医院亦致力于推动国际合作，除撷取各先进国家医疗发展的经验与知识，促进我国医疗科技与新知的蓬勃发展外，带着回馈及善尽世界公民责任的想法，台大医院也积极协助医疗资源较为不足的国家，提携他们的医疗水准，带领他们进入现代化的医疗无论在服务，教学，研究等各方面都已有相当厚实的基础与成就，为达到成为台湾医界典范之愿景，台大医院更积极配合国家卫生发展政策，善尽社会责任，将更高品质的医疗服务提供给更多民众台大医院先后承接行政院卫生署云林医院，国立台北护理学院附设医院，财团法人北海岸金山医院，行政院卫生署新竹医院及竹东医院，成为台大医院云林，北护，金山，新竹及竹东五个分院，随着分院陆续的加入，台大医疗体系俨然成形，目前体系已拥有超过4,500 张病床及9,000 名专任员工，以下分别依地理位置由北至南简单介绍体系各分院现况该院坐落于新北市金山区阳金公路旁，占地约6,000平方公尺，医疗大楼包含地上7层与地下1层，目前有专任员工70余位，除提供门，住，急诊服务外，于2011年3月起开始提供血液透析服务，免除在地洗肾民众交通往返舟车劳顿之苦地理环境封闭，人口老化情形严重，台大医院金山分院主要提供该区居民整体医疗照护需求，结合总院资源进行相关教学及医学研究，并提供整合性健康照护如：社区医疗，老人医学，远距照护等新医疗照护模式，透过推动社区健康营造，努力提升社区医疗水准，期望将台大医院高品质之医疗服务带到金山地区，以照顾当地居民并发展特色医疗该院位于台北市万华区，共包含2栋医疗大楼，现有专任员工180余位，以建构「老年医学暨长期照护的整合型中心」为发展重心预计于2012年启用，期望新医疗大楼完工后能够提供民众更优质之就医环境亦有来自台大医疗体系之各专科门诊，复健治疗及洗肾业务，平均每月门诊量超过20,000 人次，此外积极与政府部门合作参与长期照护制度规划，发展各类社区机构老人健康服务，并用心规划设置老年人多重慢性疾病之周全评估及整合性门诊，为国内老年医疗照护开启先河进而建构一个以个案为中心，家庭为单位，社区为照护基础，并强调「在地老化」之老年医疗照护模式该院位于新竹市经国路一段，占地约28,000平方公尺，包含新楼，竹楼两栋医疗大楼，设有各类病床总计近700床，现有专任员工1,100余位，除提供完善之各医疗专科服务外，亦备有众多先进重大仪器设备，致力提供医学中心级之医疗服务新竹科学园区内亦有许多国家重点发展科技项目，也因此使新竹地区居住人口呈现快速成长趋势，惟目前新竹地区急重症医疗照护能力仍稍嫌不足，尤其是心血管，脑血管及尖端癌症治疗等领域，因此新竹分院成立之首要目标即为扩展医疗深度，透过总院医疗专业人才之支援，使院内齐备各医疗专科，积极强化妇幼医疗，急重症医疗，癌症治疗，传染病防治及弱势族群照护等，以期尽速提升新竹地区急症与重症之医疗水准与品质该院位于新竹县竹东镇，邻近68号东西向快速道路，其位置与新竹分院距离约19公里，车程约30分钟，占地总面积达30,000余平方公尺，包含1栋7层楼之医疗大楼，各类病床总数超过300床，现有专任员工230余位，以推广社区健康营造及中长期照护合作为发展重点透过提高医疗服务的深度与广度，结合台大医疗团队提供专业人才，以满足乡亲对于许多医疗专科之需求，未来更将充分运用现有空间扩充ICU，RCW，精神科等地方所缺乏之医疗项目，发展最优质的医疗照护品质及提供最贴心的医疗服务项目位于云林县斗六市，医院建物包含医疗大楼，急诊大楼，复健大楼及精神卫生大楼，设有心导管，电脑断层扫描，血管摄影及磁振扫描等重大仪器设备，在台大医院专业医疗团队进驻后，已陆续完成各式心导管治疗，开心手术，腹腔镜手术等重大医疗服务，为云林地区唯一通过「区域教学医院」评鉴之医院台大医院云林分院虎尾院区于2007 年9 月正式启用，与斗六院区相距约15 公里，车程约20 分钟，以肿瘤医学治疗为该院区之发展重点，除设有放射肿瘤治疗设备，影医与核医等检查设备之外，亦设立门诊化疗区，肿瘤专属病床等专属空间，2008 年更成立肿瘤医学中心，提供各式肿瘤医疗服务并有约1,500 名之专任员工，每月门诊服务量已超过60,000 人次，住院服务量也已接近2,000 人次，未来将持续以健康守护为使命，致力提升医疗及服务品质，期望成为彰，云，嘉地区民众最信赖与爱戴之医学中心。
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