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学院位于上海繁华的徐家汇东侧，包括东安路两侧的东园、西园、护理学院、放射医学研究所及部分零星分散用地，总用地面积19.2万平方米（不含附属医院）。有10个附属医院：复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院 、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学上海医学院，http://www.shmu.edu.cn，复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心、复旦大学附属华东医院。
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