学院积极开展教学改革，努力使教学计划、课程设置、教学内容以及教学手段与方法能适应学科发展和 人才培养的需求。积极开展 “面向21世纪计算机学科教育内容和课程体系改革”，“计算机系统结构与并行处理”、“离散数学”课程被上海市教委授予上海市级“精品课程”并获得上海市教学改革成果一等奖。近年来，新增结合IT发展潮流的专业选修，专业实践创新类课程30多门，先后出版专业教材30多本。
为培养学生的创新和实践能力，学院鼓励学生参加各项科技竞赛，参与教师的科研项目，参与柯达公司组织的数字图像创意活动。学院连续几年组队代表上海大学参加ACM国际大学生程序设计比赛，并且在全国大学生“挑战杯”科技作品比赛中获奖。学院注重学生的个性教育，对强化班的学生或自学能力特别强的学生单列计划、因人施教。
上海大学计算机工程与科学学院的历史可追溯到成立于1959年4月的上海科学技术大学计算机技术系(1978年改称计算机科学系)。1988年，上海工业大学计算机工程系和上海科学技术大学计算机科学系联合成立了计算机学院，由享誉海内外的计算机专家、中国工程院院士李三立教授担任院长，该学院是在钱伟长校长亲切关怀下成立的上海市高校中第一所计算机学院。1994年5月，新上海大学成立，上海科技高等专科学校计算机技术系和原上海大学计算机应用系也一起并入，联合成立了上海大学计算机工程与科学学院。悠久的办学历史，长期的重点建设，使得学院成为上海市重要的IT人才培养和科研基地。
