内蒙古自治区监狱管理局是全区监狱工作的领导机关，对区直监狱系统的19个单位实行垂直管理，对3个盟市监狱的业务工作进行指导。监狱管理局内设12个处室和1个机关事务服务中心。现有在职干警职工127人，其中占行政编制的干警110人，现有局领导7人，副处级以上环节领导21人，处级非领导10人，科级以下干部72人；占事业编制（机关事务服务中心）干警职工17人，其中有正、内蒙古监狱网官网副主任各1人；少数民族干警19。
创建现代化文明监狱工作迈出新的步伐。目前已创建成部级现代化文明监狱1所，区级现代化文明监狱5所，现代化文明监区18个。
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全区监狱系统共有22个单位，区直监狱系统共有土地96万亩，有监狱企业22个，以机械制造、建材、煤炭生产、服装加工、粮食生产为主. 区直监狱多数建于五六十年代。1969年，赤峰市、通辽市、呼伦贝尔市的各监狱随行政区划变更分别移交辽、吉、黑三省；1970年西部地区监狱撤销、大批干部随罪犯调到晋、冀两省，监狱资产移交地方；1973年恢复自治区西部监狱；1979年赤峰市、通辽市、呼伦贝尔市的监狱随行政区划从东三省收回。各盟市监狱中除锡林浩特监狱外，都是在1983年 “严打 ”期间建立起来的，当时为了收押大批新投犯，将原来的一些旧工厂、农场改建成为监狱。随后根据押犯数量的逐年减少，撤并到目前的3所监狱。
