现有管理，理工，人文社会科学，原住民民族及海洋科学学院等5学院，计有博士班12所，硕士班24所，学士班22系及硕士在职进修专班7班从无到有，毕路蓝缕，一砖一瓦的把学校从甘蔗田与芒草花丛里建设起来，除为台湾培育高等教育人才外，更肩负发展台湾东岸之责本校在首任校长牟宗灿博士的领导下，借着审慎而周延的校园及系所规画，在民风纯朴，天然及人文资源丰富的花莲，发挥多元化的教育功能，提升台湾东部学术及文化水准，朝向成为国际性一流大学的目标迈进空气清新，景色秀丽宜人，是适合学术研究与生活的优良环境地势宽广平坦，与规画中的科学工业园区毗邻在集大学城与科学城于一体的双城计画下，本校将是未来台湾地区东部学术发展的中心所在其卓越的成就皆陶铸于长期的成文与不成文之校园文化正秉持自由，开放，和谐，卓越及朴实等原则，逐步建立优良的校园风气与健全的校园规章，同时强化有关国际事务的专业课程，培养学生具备宏观的国际视野及应对国际事务的能力，并在东部纯朴的民风陶冶下，孕育出东华人特有的朴实敦厚的精神除专心校内之建设，学术研究与教学外，更积极致力於东部社区教育之推广与服务，办理各类进修研习课程，提升地方人力资源；同时开放学校图书馆，体育园区，讲堂等设施，供地方民众，学校使用，以达资源分享；本校师生亦积极投入地方教育，文化，社区等工作，实地参与，协助并指导各类活动教人员的在职进修与研习的推动最具成效，服务范围南北长达近四百公里成立创新育成中心，扶持中小企业的创立，辅导新产品新技术的研发，并提供谘询服务以奠立东部产业发展的基础。
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