在闵行区卫生局的支持和指导下，逐步构建社区卫生双向转诊服务和会诊中心，目前已建成PACS会诊中心、心电图会诊中心等，并在此基础上创建闵行区慢病管理与科研的平台。
申报国家药物临床试验机构（GCP）通过了国家食品药品监督管理局的认定并获得《药物临床试验机构资格认定证书》，是医院临床诊疗走向规范化、科学化的另一亮点。目前医院的泌尿外科专业、肾脏病学专业和神经内科专业是通过认证的三个专业，复旦大学附属上海市第五人民医院，http://www.5thhospital.com，并且也都是医院重点建设的学科。
2006年12月，为整合医疗资源，使闵行地区的肿瘤患者能就近享受到市级一流专家的服务，在闵行区政府的大力支持和推动下，以市五医院肿瘤科为基础，闵行区中心医院共同参与，联手组建的 “复旦大学附属肿瘤医院闵行分院 ”正式挂牌。分院的管理整体委托肿瘤医院，诊疗模式完全采用复旦大学附属肿瘤医院的多学科综合治疗模式，可以满足不同肿瘤病人的手术治疗、化学治疗、血管介入治疗、生物治疗、复旦大学附属上海市第五人民医院中医中药治疗和放射治疗等肿瘤综合治疗。
2005年5月，借助华山医院神经外科集团的优势，医院与复旦大学附属华山医院共同组建 “上海市华山神经外科（集团）医院市五分院 ”。经过4年的建设，逐步形成以 “脑垂体瘤综合诊治 ”及 “脑血管疾病介入治疗 ”为特色的学科发展方向。
医院有在职职工1300余人，其中卫生技术人员约1100人，高级职称120余人，硕博士100余人。医院现有复旦大学 “双聘院士 ”1人；研究生导师15名；享受国务院津贴7名；上海市曙光学者、上海市医苑新星1名、上海市百人计划1名；上海市小百人计划4人；上海市领军人才后备队(闵行区领军人才)8人；闵行区专业技术拔尖人才1人。承担国家自然科学基金、市科委和市卫生局等各级科研课题，年发表学术论文200余篇，其中1/3在国内核心权威期刊和国外专业期刊发表。
在医院百余年的发展长河中，经过几代五院人的努力，医院现已发展成为占地5.81公顷（约90亩），建筑面积6万平方米，集临床、科研、教学为一体的综合性医院。拥有64排CT、16排CT、1.5T核磁共振、800mA 以上DSA、ECT和直线加速器等大型乙类医疗设备，复旦大学附属上海市第五人民医院，http://www.5thhospital.com，以及Ⅰ级层流手术室、重症监护、血液透析、高压氧舱、双能X线骨密度仪、高档彩色多谱勒超声诊断仪、超声内窥镜、胶囊内镜、超声弹导碎石机、体外冲击波碎石机、钬激光、全自动生化分析仪、全自动酶免分析仪、全自动化学发光免疫分析仪、流式细胞仪、各类微创腔镜手术系统等先进医疗仪器设备，设备总值近1.5亿元。年门急诊130余万人次，住院病人约3万人次，复旦大学附属上海市第五人民医院；住院手术近万人次。
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