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学校的奋斗目标是：到2010年清华附中建校95周年的时候，把清华附中建设成为大中学衔接推进素质教育，培养高质量、有特色、创造性人才的摇篮；进行现代化教育改革、出先进教育思想和经验的教科研基地；办学条件和水平达到国内一流的示范性中学；国际教育文化交流广泛，有一定影响的世界名校。
实施 “名师工程 ”：发挥清华大学等高校著名专家、教授的教育优势和特级教师、学科带头人的育人特色，清华大学附属中学，http://www.qhfz.edu.cn，形成高水平 “学者教师群 ”，提高学校办学层次。历史上许多著名科学家曾在我校任教。
清华附中的教育教学工作具有以下特点： 重视德育，坚持对学生进行理想、道德、情操教育，高一军训、高二农训、高三集中思想教育，已形成德育的传统和特色；注重学生全面素质的培养和能力的提高，在教学上提倡 “少、精、严、清华大学附属中学活 ”的原则，培养学生自学能力和创新精神；学校重视加强教育科学的研究，积极探索中学教育教学规律；发挥背靠清华大学的优势，进行大中学衔接培养，形成了学校特有的教育教学风格。
天行健，君子自强不息；地势坤，君子厚德载物。全体清华附中师生都将牢记 “自强不息、厚德载物 ”的校训，为祖国基础教育的发展做出新的贡献。
党的十六大为教育改革、创新和教育发展指明了方向，新时期、新形势为全面推动基础教育提供了新的发展机遇。展望清华附中的美好明天，我校将继续在社会各界的支持下，立足学生和教学实际，依托清华大学的丰富资源，发扬九十年淬砺的人文精神，积极构建新的发展蓝图。我们相信，到2010年，一定能够把清华附中建设成为大中学衔接推进素质教育，培养高质量、有特色、创造性人才的摇篮；进行现代化教育改革、出先进教育思想和经验的教科研基地；办学条件和水平达到国内一流的示范性中学；国际教育文化交流广泛，清华大学附属中学，http://www.qhfz.edu.cn，有一定影响的世界名校。
长期以来，我校始终坚持 “以育人为中心，以学生为主体 ”的教育思想和办学传统，努力构建教书、管理、服务、环境四位一体的育人体系，通过开设 “大学预科班 ”、 “高中理科试验班 ”、 “马约翰体育班 ”、 “一条龙试验班 ”和 “美术特长班 ”等特长班，不断强化素质教育，为学生的个性发展提供广阔空间，形成了鲜明开放的办学特色，创建了良好的学风、校风，办学质量和教育水平不断提高。自1983年至今，已有1200多名毕业生进入清华、清华大学附属中学；北大，先后有51人次获得北京市金帆奖、银帆奖，在教学、科研、管理、人才培养等方面取得了丰硕的成果，为祖国建设和社会发展培养了大批人才。
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