2003年，长科院荣获“全国五一劳动奖状”。2008年以来，长科院分别荣获“全国水利科技工作先进集体”、“全国水利抗震救灾先进集体”、”全国水利行业群众体育先进单位“、“湖北省人才工作十强院所”、“湖北省文明单位”等荣誉称号。
长科院下设16个研究所(中心)，7个科技企业，并设有研究生部。国家大坝安全工程技术研究中心、水利部江湖治理与防洪重点实验室、水利部岩土力学与工程重点实验室、水利部水工程安全与病害防治工程技术研究中心、水利部长江科学院工程质量检测中心、水利部科技推广中心长江科技推广示范基地、流域水资源与生态环境科学湖北省重点实验室、武汉市智慧流域工程技术研究中心依托长科院等单位建设。主要专业研究领域有防洪抗旱与减灾、河流泥沙与江湖治理、水资源与生态环境保护、土壤侵蚀与水土保持、工程安全与灾害防治、空间信息技术应用、流域水环境、农业水利研究、国际河流研究、野外科学观测、生态修复研究，工程水力学、土工与渗流、岩石力学与工程、水工结构与建筑材料、基础处理、爆破与抗震，工程质量检测、机电控制设备、水工仪器与自动化，以及计算机网络与信息化技术应用等。
长科院是一个以水利水电公益性科学研究为主，开展水资源和水环境科学技术研究、防洪减灾和水土保持科学技术研究、流域规划与治理开发科学技术研究、工程科学技术研究，并面向全国各行各业开展工程质量检测与评价、工程安全监测与评估、工程建设咨询与监理、研究生学历教育以及相关科技开发、技术服务、信息服务与专业培训的多学科的综合性科研机构。
长江科学院(简称长科院)始建于1951年，是国家非营利科研机构，隶属水利部长江水利委员会。长科院作为我国“水利行业科研单位第一家”，为国家水利事业，长江流域治理、开发与保护提供科技支撑，同时面向国民经济建设相关行业，以水利水电科学研究为主，提供技术服务，开展科技产品研发。
