中心秉承“信息引领进步”的理念，为医疗卫生改革提供信息化支撑，为卫生科研人员提供高效、便捷、价廉、专业、权威的信息服务，共同推动我国医疗卫生事业的发展进步。
中心与中南大学、吉林大学、中国医科大学、济宁医学院、滨州医学院、浙江医学高等专科学校等高校建立了实习基地合作关系。并且每年在吉林大学、济宁医学院举办“杭州杯”科技查新大赛。
中心拥有一支专业知识扎实、经验丰富、知识面广的专业技术人才队伍，其中高级职称人员占30%，博士和硕士学位的占25%。设有综合办公室、卫生信息科、卫生情报科和卫生研究科四个科室。
杭州市卫生信息中心(原杭州市医学情报中心)成立于1987年，是杭州市卫生局直属的正处级事业单位。主要职能为承担全市医疗卫生健康服务信息化系统建设、市卫生系统电子政务系统建设和维护工作;指导、协调全市卫生系统信息化建设工作;面向市卫生系统提供医学情报信息等服务工作;开展卫生软科学研究工作;承办上级主管部门交办的其他工作。
