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近年来，医院集思广益，开拓创新，取得了累累硕果。力推微创技术，形成总体特色；在加强现有学科的基础上，苏州大学附属第二医院创特色补空白。创建血管外科、整形美容外科，填补苏州地区空白；建立手足外科，改写苏州大型综合医院没有手足外科的历史；职业病诊断是江苏省唯一有资质的三级甲等综合性医院；核医学科临床基因扩增实验室是苏州市首家具有合格证书的PCR实验室，同时也是卫生部内镜专业技术培训基地。
医院科室设置齐全，其中临床科室30个，医技辅助科室22个，教研室16个，研究室9个。骨科学、血液学、放射医学是苏州大学国家重点学科的组成部分；神经内科、神经外科、骨科、放射治疗科、核医学科、泌尿外科、普外科、麻醉科为部级重点学科；同时普外科、泌尿外科、心血管内科、急诊医学科、放射治疗科、医学影像科、麻醉科、苏州大学附属第二医院，http://www.sdfey.com，血管外科为市重点专科。
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