学校的历史可以追溯到1588年建立的教徒学校，17世纪时已经在学校开始哲学神学讲座科隆大主教正式颁发了成立拥有4所学院的明斯特国立大学的公文并开始医学课程但因为缺少资金，直到150年以后才开使授课因为信天主教的威斯特法伦人反对普鲁士人的教育改革，明斯特大学再次失去其合法地位明斯特大学开始进入兴旺时期，但不久又因突然爆发二战而中断明斯特大学才开始发展到现今规模，成为德国最令人向往的学习地点之一近的有荷兰的恩谢德，远的有日本的大阪医学研究所，与拉丁美洲和东欧也都保持着相当紧密的联系非洲和拉丁美洲，名为桥梁的国际交流中心是他们的传统集会点。
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