上海医工院是 “国家创新型企业 ”、 “上海市创新型企业 ”、 “上海市高新技术企业 ”、 “上海市专利工作示范企业 ”、 “上海市知识产权工作培育企业 ”等。上海医工院还是 “上海市文明单位 ”。
进入新世纪以来，国家不断加大以企业为主体的技术创新体系建设力度，在国家推进产学研相结合的技术创新体系构建过程中，我院通过重大品种和工艺技术转移，上海医药工业研究院，http://www.sipi.com.cn，对带动企业发展、促进行业发展的作用依然十分巨大，不可推辞地担当着作为国家医药行业的技术创新基地的职责。2008年底，经过国家严格评审，上海医工院从参与竞争的20余家知名高校、科研院所中脱颖而出，自2009年起，开始建设 “新药创制重大专项 ”中最体现技术创新综合实力的 “综合性新药研究开发技术大平台 ”，以及 “新制剂与新释药系统 ”、 “药物安全评价技术平台 ”等子平台。在国家 “十一五 ”重大新药创制专项第一批批准的6个企业创新药物孵化基地中，有4家企业具有上海医工院的技术成果支撑。上海医药工业研究院所有这些，都显现了上海医工院技术创新的整体实力、对医药行业技术创新的带动力。上海医工院国际合作也相继取得重要成果。如，与美国3M公司、哈博生物公司、佛罗里达大学、德国拜耳先灵制药公司、俄罗斯国家抗生素研究所、英国剑桥大学、日本大正制药公司、岛津中国公司开展合作，建立联合实验室或共同研发前沿性课题，进一步推动科技创新团队走向世界、科研水平接轨国际。
截至到2010年12月底，上海医工院累计申报专利总数900余项，获得授权专利总数近300项，新药证书总数达到275余本。先后获国家科技发明奖14项，国家科技进步奖15项，上海市科技进步奖等省部级科技进步奖280余项。尤其是2005年以来，我们连续5年获得6项国家技术发明奖、国家科技进步奖，连续7年获得8项上海市技术发明一等奖、上海医药工业研究院，http://www.sipi.com.cn，科技进步奖一等奖，充分体现了上海医工院以专利战略推进自主知识产权成果的涌现、引领医药行业技术创新的使命。
历史上的上海医药工业研究院，始终以 “贴近国际医药技术创新前沿，贴近国家创新战略，贴近医药行业市场的现实与未来创新需求 ”的特色和实力，不断拓展事业领域，扎根于中国医药工业并与其共同成长，形成了产学研一体化发展的格局，科研水平及贡献率在国内医药类应用型科研院所中居龙头地位，在我国创新药物研究和国家生物医药产业发展中拥有坚实地位。
2010年4月，我院与国药集团、中国生物技术集团重组以 “打造中央企业医药健康产业平台 ”，把新国药集团培育成一个具有国际竞争力的大型医药企业集团。
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