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上海渔港监督局（上海渔业船舶检验局）现有内设部门:办公室、政策法规科、装备和信息技术科、综合管理科、渔港监督管理科、渔业船舶检验科、堡镇渔港监督（堡镇渔业船舶检验分局）、芦潮港渔港监督（芦潮港渔业船舶检验分局）、吴淞渔港监督（吴淞渔业船舶检验分局）。
上海渔港监督局法定职能。受理各类船舶在渔港水域内进行对环境有影响的相关活动的审批或核准，受理渔业船舶船员证书核发，上海渔港监督局官网受理渔业船舶进出港签证，受理渔业船舶登记，负责渔港水域的交通安全管理和渔港水域环境保护，负责渔业船舶海损事故的调查和处理。
上海渔港监督局官网，教育，政府组织，政府。
根据《__上海市委办公厅、上海市人民政府办公厅关于市节能监察中心等事业单位列入参照公务员法管理范围的通知》，自2009年12月起，上海渔港监督局（上海渔业船舶检验局）列入参照《中华人民共和国公务员法》管理范围；上海渔港监督局（上海渔业船舶检验局）机构行政级别为正处级，实行两块牌子一套班子合署办公，行政隶属上海市农业委员会。
