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近几年，学校高考上线率高达98%以上，本科效益名列全市前茅，尤其是在实施高中新课程改革之后，学校作为福州市级样本校，坚持 “自主、合作、探究 ”改革理念，倡导和推行 “创新、福清第二中学，http://www.fqez.com.cn，创活、激趣，构建生本课堂 ”的课堂教学模式研究，重视对学生创新精神的培养。三年的课改，取得了一定的成效。2009年高考，我校本科上线率首次突破90%，本一上线率和本科上线率同比分别提高了16和37个百分点；2009年共有10项作品在省市级科技创新大赛中获奖。学生的科学实践活动荣获省科技创新大赛二等奖。
学校是福建省二级达标完中，全国教育科学 lsquo;十五 rsquo;规划课题福州子课题《初中英语课堂教学模式与课程标准实施研究》课题实验先进实验校，福建省体育(田径)传统项目重点中学，福州市文明学校，福清第二中学福州市绿色学校，福州市现代教育技术实验校，福州市科技示范校，福清市党建工作先进单位，福清市教育工作先进单位。
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